Theo đúng quy định của Luật thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi, bổ sung năm 2013) thì khi tính thuế giá trị gia tăng bao gồm 2 phương thức chính là: phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng và phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng. Cụ thể:
I. Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng
       – Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế sẽ bằng (=) số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ (-) số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ. Trong đó: 
        + Số thuế giá trị gia tăng đầu ra sẽ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng. Cụ thể như sau: 
Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng bằng (=) giá tính thuế của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân (x) với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ đó.
Trường hợp sử dụng những chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ giá tính thuế giá trị gia tăng xác định theo quy định tại điểm k khoản 1 Điều 7 của Luật này :“k) Đối với hàng hóa, dịch vụ được sử dụng chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì giá tính thuế được xác định theo công thức sau:
Giá chưa có thuế giá trị gia tăng
=
Giá thanh toán
1 + thuế suất của hàng hóa, dịch vụ (%)
         + Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ sẽ bằng (=) tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, và chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu và đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 12 của Luật này về khấu trừ thuế gia tăng đầu vào
Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng tính thuế theo phương pháp này cần phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo đúng quy định của pháp luật về kế toán, các hoá đơn, chứng từ bao gồm: Cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân kinh doanh; Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh.

II.  Phương pháp tính trực tiếp trên gía trị gia tăng
          – Số thuế giá trị gia tăng(TGTGT)phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng (=) giá trị gia tăng nhân (x) với thuế suất thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý.
Trong đó: Giá trị gia tăng của vàng, giá trị gia tăng của bạc, đá quý được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng.
         – Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo các phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:
+ Đối tượng áp dụng: là những Doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; Hộ, hay cá nhân kinh doanh; Tổ chức, nhữn cá nhân nước ngoài kinh doanh không có cơ sở thường trú tại Việt Nam nhưng có doanh thu phát sinh tại Việt Nam chưa thực hiện đầy đủ chế độ kế toán,  chứng từ, hoá đơn,trừ tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam khấu trừ nộp thay; Tổ chức kinh tế khác, những trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế ;
+ Tỷ lệ % để tính thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:
       * Phân phối, và cung cấp hàng hoá: 1%;
       * Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
       * Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
       * Hoạt động kinh doanh khác: 2%.